Styret er VINNs øverste organ og forvalter av formålet. Daglig ledelse og drift utøves av administrerende direktør.

VINN har et råd som velger styremedlemmer og fører tilsyn med VINNs virksomhet. Rådet har fire medlemmer utpekt av UiT Norges arktiske universitet, SINTEF, Norges forskningsråd og ansatte ved VINN.